Malacologia
É sem dúvida aos estudos malacológicos que Arruda Furtado mais se dedicou. De um modo geral, à luz do evolucionismo, entende-se facilmente o interesse especial que o naturalista manteve pelos moluscos. Constituíam, pela sua vasta distribuição, espacial e temporal, o instrumento mais adequado ao esclarecimento, por comparação, da sua maior preocupação: a origem das espécies do arquipélago dos Açores.
A originalidade epistemológica e metodológica, o rigor e diversidade dos estudos malacológicos desenvolvidos conferem a Arruda Furtado um lugar de relevo e, em certa medida, pioneiro, na história da malacologia em Portugal. A ênfase colocada nos critérios da anatomia comparada para uma correta compreensão dos processos de génese, levaram-no ao aperfeiçoamento de uma prática laboratorial de dissecação e descrição, que o colocam tecnicamente adiante de muitos malacologistas da sua época.
O despertar para o estudo dos moluscos surgiu muito cedo, ainda nos Açores, por influência de Carlos Maria Machado, com quem colaborou, a partir de 1876, na constituição das coleções do museu de história natural do liceu de Ponta Delgada. Volvidos alguns anos e a publicação dos primeiros trabalhos sobre moluscos terrestres e marinhos das ilhas, com os quais alcança reconhecimento nacional e internacional, foi nomeado encarregado da Secção Zoológica do Museu Nacional de Lisboa com a função de classificar conchas e moluscos.
Em Lisboa, a par da revisão das coleções malacológicas do Museu, que resultaria na publicação da primeira parte de um Catálogo geral das colecções de Molluscos e Conchas da Secção do Museu Nacional (1886), dedicou-se ainda à reorganização e arrumação das coleções, preocupando-se com a acessibilidade pública das mesmas.